اعتمد وزير التعليم الدكتور أحمد بن محمد العيسى الهيكل التنظيمي لوزارة التعليم والعمل به من تاريخ صدوره اليوم الاثنين 1439/12/23هـ، وشمل الهيكل دمج وإلغاء وإحداث عددٍ من الوكالات تحقيقاً للعمل التكاملي ولتيسير أداء المهام المناطة بالوزارة وفق الاختصاصات لكل منها وبما ينسجم مع رؤية المملكة 2030، ووفق ذلك أصدر وزير التعليم قرارات تكليف الوكلاء وفق الهيكل التنظيمي.
وفي التفاصيل شملت الهيكلة ضم وكالتي التعليم للبنين والبنات في وكالة واحدة تحت مسمى وكالة الأداء التعليمي، وتسمية وكالة الشؤون التعليمية المعنية بالجامعات بوكالة التعليم العالي والبحث العلمي، وإنشاء وكالة التعليم الموازي والتي تختص بالموهوبين والتربية الخاصة والمبادرات النوعية والتعليم المستمر إضافة إلى المدارس السعودية في الخارج، كما أنشأت وكالة الموارد البشرية، ووكالة الشؤون الإدارية المالية، ليصبح عدد الوكالات التي تضمنها الهيكل التنظيمي عشر وكالات تتبعها وكالتان مساعدتان و أربع وخمسون إدارة عامة.
في ذات السياق شمل الهيكل التنظيمي إعادة تسمية عدد من الإدارات العامة المرتبطة بوزير التعليم وهي الإدارة العامة للشراكات والعلاقات الدولية، والإدارة العامة للإعلام والاتصال، والإدارة العامة للمراجعة الداخلية، والإدارة العامة للشؤون القانونية، والإدارة العامة للمتابعة، إضافة لمركز الوعي الفكري، وإدارة التواصل، وأمانة اللجنة المؤقتة للتعليم العالي، ومكتب تحقيق الرؤية.
فيما يرتبط بنائب وزير التعليم وكلاء الوزارة كافة، ومديرو التعليم في المناطق والمحافظات، وأمانة إدارات التعليم، والمركز الوطني للتطوير المهني التعليمي، والمكتبة الرقمية، إضافة إلى الإدارة العامة للإيفاد والابتعاث.
وشمل الهيكل التنظيمي استحداث منصب مساعد الوزير للخدمات المساندة، وترتبط به وكالة الموارد البشرية ووكالة الشؤون الإدارية والمالية ووكالة المشاريع والصيانة، إضافة إلى إدارة مراقبة جودة الخدمات والإدارة العامة للأمن والسلامة ومركز الاتصالات الإدارية.